宋蓮生(張國立 飾)乃一江湖郎中，浪蕩不羈醫術高超，在長沙行醫時巧遇繡莊莊主無雙，被她深深吸引，于是在繡莊門前開起了門診，并應允無雙的請求幫助東林黨購置大量傷藥，違反了朝廷規定而面臨死罪，由于九芝堂老板的妙計，宋蓮生得以獲救，后來又因此事與地痞齊大頭結怨，搶救了聞世堂無能為力的病人，此堂名聲大跌又遭仇視，更因為誤會無雙而離開長沙，地在途中發現當地鬧瘟疫，疫算將蔓延至長沙，他即刻返回通知九芝堂大量購藥，并控制藥材銷售，瘟疫得以控制，圣上欲賜堂號給立功的藥房，聞世堂吳老太醫的侄女如月(鄧婕 飾)使出壞招，令九芝堂名聲受損。