Michael在洛杉磯準備制定為公司殺害Sara的報復計劃。他跟蹤Gretchen和Whistler到一家酒店，他們正試圖竊取公司的數據卡，Whistler拷貝了卡，Gretchen不知情。Michael悄悄跟蹤他們，并威脅要殺死Gretchen，她告訴Michael她偽造了Sara的死亡。當警察趕到時，他們逃走了。Pad發現Whistler給了他一張復制卡，他很生氣，命令Wyatt射殺Gretchen。　　在巴拿馬的Michael告訴Lincoln，Sara還活著。Michael上European Goldfinch網站，看到一條信息：Mahone關于Sara一事想與他見面聊聊。　　Mahone和Whistler在同一公司工作。Whistler有數據卡，里面有該公司代理人的名字，這張卡叫Scylla。他們需要Michael協助他們闖入公司，他們告訴Michael：Sara可能在芝加哥。突然，Whistler被Wyatt射殺，并拿走了Scylla卡。Pad命令Wyatt去除掉所有和Whistler有聯系的人。　　在靠近墨西哥邊界，Bellick和Sucre被Bellick的母親所救。與此同時，在巴拿馬T-Bag雇人開車送他越過邊界，他想去找Michael，他有鳥類書知道一定會遇到Michael。　　Mahone打電話給在科羅拉多州的前妻Pam，她希望他回家。　　Lincoln發現有人跟蹤，和他打起來并殺了他，巴拿馬警察抓了Lincoln，Sofia和LJ逃走了。　　Wyatt強行進入Pam家。　　Michael前往芝加哥找莎拉的家人朋友Bennett，芝加哥警察逮捕了他，帶到Self前，Self和Whistler一塊工作。他能抹掉他和林肯的犯罪記錄，希望Michael幫助他拿到Scylla卡。　　當Mahone回到Pam的家時，發現警方和護理人員已將這里封鎖。同時Sucre去醫院看Maricruz和他的小寶寶，警察在那里逮捕他和bellick。　　Self向Michael和Lincoln說他想讓他們幾個自己干，他做背后暗地支緩，Self將會把Mahone, Bellick和Sucre這些老朋友帶來給他們。他們需要拿到數據卡，闖入公司總部，這是唯一的出路。他們拒絕幫助Self。　　Bennett帶Michael和Lincoln去看Sara，她一直躲藏著。為了不坐牢，Michael還是必須幫助Self。她怕他們將永遠不會安全，她希望他把公司擊敗。Sara背上的傷疤促使Michael下了決定。一聲槍聲在他們藏著的房子里響起，公司發現了他們，Lincoln, Michael和Sara趕緊逃跑，他們打電話給Self告訴他過來。　　Lincoln和Michael與Mahone, Bellick和Sucre在芝加哥警署見面，他們知道T-Bag有鳥類書。Self給了他們偽造的身份證，Michael把他身上的紋身去掉了。Sara和他們一塊坐上了貨運飛機，跟隨Selff擊敗公司。