左宗棠在彌留之際，念念不忘臺灣建省，但還是未能等到皇帝親允建立臺灣省的好消息就殉職于福州任上。朝廷得此消息，紛紛悼念左宗棠，并在京都設立專祠祭奠，醇親王代天子致祭。　　西太后一面應允建立海軍衙門，一面提出修建園林供她養老。醇親王無銀子，只好求助李鴻章。建立完善的海軍需要花費大量銀兩，而修建園林更是花錢如流水，李鴻章為此也一籌莫展，此時孫毓汶提議設立“海防捐”，借此斂財，以解辦海軍和修園林之難。　　光緒十一年九月初五，清廷終于下旨臺灣改為行省，命劉銘傳為首任巡撫。于第二日，設立總理海軍事務衙門，醇親王為總辦大臣，李鴻章為會辦大臣。1885年10月12日，臺灣府終于改為臺灣省。　　李鴻章讓劉銘傳出任海軍會辦，劉多次婉拒。李鴻章打算上折請奏，孫毓汶則自告奮勇，認為有能力讓劉銘傳回心轉意。