正在追捕持槍襲擊寶石店強盜二人組的淺輪直樹(井之原快彥 飾)，現在是涉谷中央署的刑事課主任。突然，奔跑的直樹面前出現了一個年輕男子，兩人撞到在地，男子羨慕地看著直樹，向他介紹說自己是新宿中央署的新藤亮(山田裕貴 飾)，并和直樹一起開始追捕犯人。看見犯人逃進了一處購物街的直樹，向著那邊緩緩接近著。一位偶然來到購物街的男客人，遠遠地注意著想要在不波及到普通客人情況下抓捕犯人的直樹。不出一會兒，在那位男人的幫助下，直樹成功抓捕到了搶劫犯。當直樹為此表示感謝時，那位男人留下“應該保護的是弱者。這是基本吧”這樣一句莫名其妙的話便離開了。第二天，正在和已經成為他妻子的倫子聊天的直樹，突然接到了警視廳人事科過來的電話，讓他直接到警視總監辦公室。到警視總監辦公室后直樹被告知，警視廳將組建一支從初步調查到檢查工作都全權負責不被束縛的獨立小組——“特別調查組”。在見到被任命的組長宗方朔太郎(寺尾聰 飾)時，直樹吃了一驚。原來這位宗方就是昨天在購物街逮捕強盜時立下大功的男人。宗方似乎就是因為看到直樹的行動，才指名要他加入的。立即被派往特搜班辦公室的，還只有宗方和直樹二人。不僅如此，宗方還因為“育兒優先”，扔下直樹一個人就回去了。被宗方要求召集特搜班成員的直樹，立馬就跟小宮山志保(羽田美智子 飾)取得了聯系，卻被她以“沒法好好干了吧？”的理由拒絕了，而村瀨也沒有接他的電話。只有矢澤一個人接到了他的消息，還在矢澤那里得知了青柳辭職的事。直樹和矢澤決定一同前去找青柳談話，卻只得到了青柳“即使回去了也只是在重復一樣的事情而已吧？”的回復。可能是因為覺得直樹太可憐，矢澤向他承諾了自己會加入特搜班。就在此時，從東中野署的村瀨那里發來了特搜班的出動請求。事件發生在繩文陶器的發掘現場，在現場發現了本科講師野村美穗的尸體。因為旁邊掉落了一個疑似含有氰酸性毒物的瓶子，警視廳搜查一課判斷為服毒自殺，就將后續處理交給了村瀨，但村瀨似乎不能認同這個看法。到達現場的直樹觀察了現場的情況，同樣對自殺的判斷抱有疑問，并請真澄對死者進行解剖。在現場，真澄還叫來了志保一起參與。到最后，志保和村瀨還是變成了特搜班的應援，直樹和矢澤一起進行著精湛的團隊合作調查。此外，宗方雖然并沒有很積極地參與行動，卻也接觸到了案件的核心。從此開始，直樹和其他人逐漸向警察組織的黑暗面接近。