秦敖(劉小鋒 飾)放走了雅德利(山鷹 飾)，破壞了黑龍會把SQ4傳播到重慶各處的計劃。　　郭仲衡(涂中如 飾)逃到黑龍會，向頭目表達自己對秦敖的疑惑。而此時的秦敖正要摧毀日軍的軍火庫，那里保存著大量SQ4制造的病毒彈。陸涯(董勇 飾)和扈渝雯(汪芫 飾)及時趕到，協助秦敖擊敗了黑龍會和郭仲衡，摧毀了SQ4病毒彈。　　但是郭仲衡并沒有死，他殺死了留下的秦敖，并企圖用感染病毒的自己將SQ4傳播到重慶市區。陸涯發現了這一切，緊急尋找郭仲衡，希望能阻止他的瘋狂行為。　　通過蛛絲馬跡，陸涯在自來水廠找到郭仲衡，郭仲衡企圖污染水源，關鍵時刻郭仲衡病毒發作，為了整個城市的安全，陸涯和郭仲衡一起投進了火海。　　1945年，日本宣布無條件投降，黑室作為一個抗日的秘密機構，永遠成為了歷史。